「整個跑步的過程，汗水不斷地從體內狂奔而出，腦海裡是一片空白，是一片出奇的寧靜。」小時候，陳建仁的父親就會帶著全家8個小孩子外出跑步，個頭不高的他不擅於打籃球，卻喜歡慢跑，尤其執著於長跑。就讀建中時，陳建仁除了跑步以外，也喜歡踢足球與打橄欖球，他喜歡在操場上盡情奔馳、流汗的感覺，在校慶運動會的田徑比賽項目中，他就曾獲得3000公尺第二名。
進入了台大之後，跑步依舊是陳建仁的最愛，比賽的成績愈來愈好，大學一年級就囊括了5000公尺第一名及1500公尺第二名，也許真的是受父親遺傳的影響，他覺得自己的體內就是有著濃濃的跑步因子。
在擔任公共衛生學院院長的時候，每天下午陳建仁都會帶著一批教授及博士班的學生，從台大出發繞著中正紀念堂跑十二圈，「我們可以跑一小時，跑步就是要連續跑，感覺身體出汗出得好過癮、全身都濕掉，好爽，這才叫做運動！」跑步是為了滿足心底對運動、流汗的欲望。從不刻意強迫自己，在跑步的過程之中，每當陳建仁覺得累了，氣喘不過來時，他就會邊跑邊與與學生、同事聊聊研究計畫、生活瑣事，或是看看沿路週遭的景色，分散自己的注意力，撐過體能上的瓶頸。
整個跑步的過程，汗水不斷地從體內狂奔而出，腦海裡是一片空白，是一片出奇的寧靜，陳建仁就是近乎愛戀地迷上這樣的感覺。
到了國科會，生活的步調不但快而且很密集，陳建仁跑步的時間自然就減少許多，另一方面，因為眼睛視網膜穿孔的緣故，醫生特別叮嚀他不可做太劇烈的運動，他只好改成每天傍晚與太太到戶外散步，雖然疲憊的感覺不如跑步來得強烈，但是漸漸地，他也走出了心得，在遇到上坡的時候，他會覺得比較累，心裡會想著要停下來，休息一下，這時候陳建仁就會與他的太太閒聊，談一些最近工作上發生的事情，或是孩子們生活的狀況，就在不知不覺中走完了整個斜坡。
陳建仁喜歡運動的態度，從不因為年紀漸長而稍有停擺，他反而不斷地思考過程中可採取的方式，讓身體感受運動就是一種生活習慣。
與宗教結緣
陳建仁在結婚之後，加入了天主教，跑步帶給他身體的健康，而宗教信仰則讓他保持愉快的心情。陳建仁自言脾氣很急躁，得失心很重，但透過宗教信仰，讓他能維持愉快的心情。每個星期六，他都會帶妻子、小孩及岳父到教堂望彌撒，在唱聖歌的時候，陳建仁感到心靈一片澄澈，世界變得再美好不過，「如果你把每一個人都當作是一個好人，都是你可以合作的人，那你看到每一個人的時候都會覺得對方很可愛，自己的心情自然就會很好。」
陳建仁很感激上天賜給他一個美滿的家庭生活，他與太太的感情非常融洽，與兩個女兒也沒有隔閡，在馬偕醫院安寧病房服務的大女兒會與他分享工作上的感受，而就讀東吳大學哲學系的小女兒則喜歡跟他討論戲劇，在台大教書，陳建仁面對的也都是年輕的學生，他喜歡與孩子及學生談話，感染年輕人的熱情與活力，不但使心情愉快，也讓自己看起來年輕許多。
