青春期前的兒童，若對本身性別感到質疑與不適當，家長應警覺，是否已罹患兒童期性別認同障礙症。憲兵司令部原訂的「憲兵兵員甄選實施計畫」中，明文將「性別認同障礙（同性戀）者」列為限制條件，同性戀團體不甘遭受歧視而走上街頭、陳情抗議，同性戀的話題因此再一次引起社會大眾廣泛討論。
同性戀在醫學上稱為「性別認同障礙症」，是指患者強烈而持續地認同異性的性別，而對本身的性別感到煩惱或不適當。根據國際疾病的分類，性別認同障礙症可分為五種。其中，兒童期性別認同障礙症，是指青春期前的兒童，對自己天生的性別感到強烈且持續性的困擾，而急欲改變自己的性別（或堅持自己為另一性別）。患者腦海中經常盤繞著如何穿著異性的衣物、做異性的打扮或參與異性的活動；有時會拒絕承認本身的性別（解剖學上的性別特徵）。
通常這類患童不會對性別角色的混淆感到困惑，卻會因為家庭或玩伴的拒絕或取笑而感到困擾。兒童期性別認同障礙症雖然罕見，卻應與常見的不符合本身性別角色的行為有所區別，如果僅是「娘娘腔」或「男性化」，並不足以判斷已罹患性別認同障礙症，因兒童期性別認同障礙症患者對性別角色的認同已達非常嚴重的程度。若年紀已過青春期，則不屬於兒童期性別認同障礙症。
兒童為何有性別認同障礙症？
兒童期性別認同障礙症的病因分為以下三點：
1.解剖生理異常：與性別發展有關的生理因素包含五方面，即性染色體、性腺、性激素、內生殖器官及外生殖器官。若任何一項發生異常，都可能造成性別認同障礙症，或真、假兩性畸形。例如性染色體異常者—克來恩菲特症候群的男童，常具有女童氣質。（註： 克來恩菲特症候群又稱為先天性睪丸發育不全症，為男性X染色體異常增多導致男性無生育能力或第二性徵發育不全、智力、行為障礙及身材高大等異常。）
2.遺傳素質因素：部分患童從小即生有異性的傾向，如男孩面貌俊秀、性格文靜；女孩體格粗壯、個性好動等。
3.環境、教養因素：環境因素中母親的情緒、教養態度、家庭氣氛等，對兒童在性別方面的心理發展影響很大。母親懷孕時若情緒過度緊張，影響胚胎睪丸的酉每活動，造成暫時性雄性激素短缺，會對男嬰的性別行為指向產生影響。學者柯阿提斯認為，孩子因與母親分離，心中產生的焦慮感對男孩的性別認同障礙具有重要影響，男孩出現女性化的行為，為其情感上缺乏母愛的一種代償。
家庭及社會環境在童年早期對兒童性別特徵行為的不同要求，對兒童日後是否罹患性別認同障礙有明顯的影響。一般兒童在一歲半以前對自己的行為、愛好尚未出現性別傾向；而二歲左右的兒童，其行為、愛好的性別傾向則比較明顯。
在童年早期，父母本身的性格、偏好，或當時社會風氣的特殊要求，如讓男孩穿女裝，鼓勵他斯文、安靜地活動等，都會影響男孩出現女性的氣質，有些更自以為是女孩。部分父母求子心切，讓女兒從小穿男裝與男孩一起玩耍，或常由粗獷的父親陪同，則女孩也會產明顯的男性氣質，有時自以為是男孩其實，只有少部分罹患性別認同障礙症的兒童在長大後會轉化為同性戀者。
在防治兒童期性別認同障礙症方面，父母應從小培養兒童對性別的正確認同，不可憑自己的愛好塑造孩子的性別。對於已有障礙者，可採行為治療、認知治療及精神分析治療。若父母的心理健康狀態異常或家庭矛盾者，應對父母施予心理治療或家族治療。
性別認同障礙症的分類
其他性別認同障礙症
未分類性別認同障礙症
兒童期性別認同障礙症：發生於青春期的兒童，對自己天生的性別感到持續且強烈的困擾，而急欲改變自己的性別。
雙角色扮異性症：只為扮演異性角色而穿著異性的打扮，希望能暫時成為異性的一員，並無永久改變自己性別的欲望。
軟性欲症：至少兩年期間，具有強烈且持續性的變性意願。未罹患精神疾病如精神分裂症，不是陰陽人，也無基因或染色體的異常。
